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Résumé :

Parmi les aliments fermentés, les fromages occupent une place historique, culturelle et socio-économique importante en France. Pour les microbiologistes, ils représentent un excellent modèle pour l’étude de l’écologie, de l’évolution et des métabolismes microbiens. Dans le cadre du projet national MetaPDOcheese, les fromages de 44 appellations d’origine protégées (AOP) françaises ont été analysés par des approches de métagénomique shotgun couplées au séquençage de centaines de souches bactériennes. Les analyses métagénomiques ont permis de caractériser à la fois la diversité taxonomique (bactérienne, eucaryote et virale) et fonctionnelle. Ces diversités apparaissent plus importantes à la surface des fromages et sont structurées principalement par les types de technologies fromagères. La reconstruction de centaines génomes bactériens à partir des métagénomes a permis l’identification de nombreuses potentielles nouvelles espèces, y compris certaines espèces que nous avons pu mettre en culture et dont la caractérisation est en cours. L’ensemble de ces données a également été agrégé pour construire un catalogue contenant plus de 26 millions de protéines d’origine fromagère. Cette ressource permettra de mieux comprendre le potentiel fonctionnel des microorganismes du fromage, en particulier en ce qui concerne les flores d’affinage. A propos de ces dernières, nous nous intéressons actuellement au genre Halomonas, fréquemment retrouvé à la surface des fromages mais également présents dans de nombreux écosystèmes naturels (mer, sédiments, sol). En comparant des centaines de génomes recouvrant plusieurs espèces de Halomonas issues de différents écosystèmes et de différents clades phylogénétiques, nous avons identifié des traits génétiques d’adaptation de ce genre à l’écosystème fromager, dans un contexte évolutif. Ces résultats in silico seront ensuite validés in vitro sur différentes souches de notre collection grâce à différents tests fonctionnels.