La PCR en temps-réel dénombre de manière spécifique un genre ou une espèce ciblé dans un échantillon mixte

Afin de connaître le taux de survie à la suite de la digestion ou de voir l’impact sur le microbiote intestinal, nous  utilisons une procédure standardisée permettant une caractérisation de chaque type de microorganisme dans les échantillons prélevés. L’avantage majeur de la PCR en temps-réel est sa capacité de bien distinguer les différents groupes bactéries. Afin de faire une quantification réelle, la réaction PCR est couplée avec le propidium monoazide (PMA), qui permet d’éliminer les cellules mortes et endommagées dans le but de compter seulement les cellules viables tout en incluant les cellules stressées. Cette technologie s’avère très intéressante lorsque les bactéries se retrouvent dans un environnement hostile comme l’estomac ou le duodénum ou dans un environnement compétitif comme dans le gros intestin.